Lange vor der Zeit, aus der die älteste erhaltene schriftliche Erwähnung des Ortes Büsingen überliefert ist, lebten Menschen auf dem Gebiet der heutigen Gemarkung Büsingen. Archäologen fanden Spuren früher Besiedlung seit der Bronzezeit. Einige Scherben- und Metallfunde aus dem Ortsbereich sowie aus einigen der zahlreichen Hügelgräber im Norden der Gemarkung Büsingen sind der späten Bronzezeit 1250 bis 750 Jahre vor Christus sowie der späten Hallstattzeit (450 v. Chr.) zuzuordnen. Die frühe Besiedlung verwundert nicht, gehört doch die Gemarkung Büsingen zu den topografisch und klimatisch bevorzugten Plätzen mit Südlage am Untersee und Hochrhein.
Gegen Ende der Römerzeit wurde unter Kaiser Valentinian I. das linke Rheinufer von Basel bis zum Bodensee mit einer Kette von Wachttürmen gesichert. Drei davon standen der heutigen Gemarkung Büsingen gegenüber. Zwei davon im Gebiet des Schaarenwaldes und einer auf der Schaarenwiese. Im 5. Jahrhundert hielt diese römische Grenzlinie den vordringenden Alemannen jedoch nicht mehr stand. Die ersten Alemannen liessen sich am Rheinufer nieder und nannten ihren Ort nach ihrem Sippenoberhaupt Buosinga, die Siedlung der Leute des Boso.
Da die urkundliche Überlieferung in Büsingen erst verhältnismässig spät beginnt, liegt die frühmittelalterliche Geschichte unseres Dorfes weitgehend im dunklen. Es kann jedoch als gesichert gelten, dass die Alemannen die Siedlung Büsingen im 6. Jahrhundert n. Chr. gegründet haben, sich seit dem 7. und 8. Jahrhundert zum Christentum bekannten, und dass Büsingen um jene Zeit zu einem kirchlichen Mittelpunkt für die ganze Umgebung geworden war. Hingegen liess sich in Büsingen bislang keine Burg als Herrschaftssitz nachweisen. Auch Ortsadel ist bisher unbekannt.
Büsingens Ersterwähnung im Jahre 1090 geht zurück auf eine Schenkungsurkunde des Grafen Burkhard von Nellenburg an das Kloster Allerheiligen zu Schaffhausen. Graf Nellenburg hatte den Ort Büsingen mit allen Rechten, Besitzungen und Einkünften dem Kloster Allerheiligen übertragen. In den Jahren 1406 und 1446 werden österreichische Herzöge als Lehensherren über Büsingen genannt. Ab 1465 galt Büsingen dann als Teil der österreichischen Landgrafschaft Nellenburg. Lediglich das Hochgericht kam für kurze Zeit als Pfand von 1651 bis 1698 an Schaffhausen. Ansonsten blieb die Landeshoheit bei Österreich.
Inhaber der Ortsherrschaft mit der niederen Gerichtsbarkeit waren in Büsingen als österreichische Lehensträger nachweislich seit 1361 die Herren von Klingenberg. 1406 verpfändeten die verschuldeten Klingenberger die Büsinger Vogtei dem Schaffhauser Rudolf Goldschmid. Im Jahre 1463 übernahm der Schaffhauser Bürgermeister Heinrich Barter die Vogtei in Büsingen.
Von 1535 an waren Angehörige der edlen Schaffhauser Familie Im Thurn die Ortsherren in Büsingen. Ihren Sitz hatten die jeweiligen Vögte im Junkernhaus, das mit einer Mauer mit Turm umgeben war. Ab 1658 amtierte Familienmitglied Eberhard als Vogt. Mit seiner Person und seinem Schicksal ist die weitere Entwicklung Büsingens bis in die Gegenwart aufs engste verwoben.